公路科：贯彻执行公路建设、养护、运营、路政、收费等相关政策制度和技术标准。负责编制全区公路养护计划并督促落实。承担公路项目的设计审核、施工许可、实施监督、竣（交）工验收等管理工作。指导公路行业和职权范围内的智慧公路建设，负责路网运行监测。
港航科：贯彻执行水路建设、养护、运营、水路运政、港政、航政、地方海事、船舶检验等相关政策制度和技术标准。负责编制全区水路养护计划并督促落实。承担水路项目的初步设计审核、开工备案、实施监督、竣（交）工验收等管理工作。承担港口岸线管理有关工作。指导港口物流发展，拟订相关政策、标准。负责区管通航水域的水上交通安全监督，指导水路行业和职权范围内的港口行业安全生产与港航建设。